খামার ব্যবস্থাপনা বিভাগ ১৯৭০ সালে ব্রি’র জম্মলগ্নের শুরুতেই প্রতিষ্ঠিত হয়। এই বিভাগ ব্রি-র ‘আর্থ-সামাজিক গবেষণা ও নীতিনির্ধারণ’’শীর্ষক কর্মসূচীর একটি অন্যতম অংশ। এ বিভাগ গবেষণার পাশাপাশি ইনস্টিটিউটের বিভিন্ন ব্যবস্থাপনা ও সাপোর্ট সার্ভিস কার্যক্রমেও সম্পৃক্ত থাকে। এই বিভাগের গবেষণা কার্যক্রমের মধ্যে উল্লেখযোগ্য হচ্ছে, শ্রমিকের মজুরির হার নির্ধারণ ও ধান চাষাবাদের লাভজনক উপায় নির্ণয়, মাটির স্বাস্থ্য উন্নয়নের পদ্ধতি ও তার লাভ-ক্ষতি নির্ণয়, জাত সম্প্রসারণের লক্ষ্যে উফশী ধানের মান সম্পন্ন বীজ উৎপাদন ও ব্রীডার বীজ উৎপাদনে সহায়তা এবং কৃষিতাত্বিক প্রায়োগিক গবেষণা। বিভাগের ব্যবস্থাপনা কার্যক্রমের মধ্যে শ্রমিকনীতি প্রণয়ন, মাঠ ব্যবস্থাপনা, অফিস বাগান, সেচ ও পানি ব্যবস্থাপনা, ইত্যাদি উল্লেখযোগ্য।